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これは、ゲームのラグナロクオンラインの世界ではなく、別の世界にあるルーンミッドガッツ王国で起こった物語である。
ロアン（剣士）と幼馴染のユーファ（アコライト）は彼女の兄キーオ（ナイト）と、彼の親友イルガ（アサシン）の反対を押し切り、4人でグラストヘイム城に乗り込んでいた。モンスター達の攻勢により逃走する一同。その際、深淵の騎士が現れキーオが身を挺して残りの仲間を助ける。閉まる扉を前に深淵の騎士によって串刺しにされるキーオ、絶望するユーファ。
月日は経ち、ユーファがプロンテラにあるキーオの墓参りをする所から物語は始まる。見え隠れする闇の王ダークロード、その部下のキーオに似た騎士ヘイズ、半魔族のジルタス、真理を追求する狂魔術師ゼフェル。そしてダークロードと相容れぬ隻眼のバフォメットが立ちふさがる。道中、マーヤ（商人）とポイポイ（ポリン）、タキウス（マジシャン）、ジュディア（ハンター）とイルガ（アサシン）が加わり、冒険、さまざまな陰謀との戦い、出会いと別れを繰り返し、ルーンミッドガッツ王国を旅していくのだった。