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主人公である沢木惣右衛門直保は、空気中の菌が目に見えるという特殊な体質の持ち主。もやし（種麹）屋の息子である彼は、幼なじみで造り酒屋の息子・結城　蛍とともに農業大学進学のため東京にやってきた。入学式当日、祖父からのメモに書かれていた樹という人物に会いに行く二人。祖父と古くからの知り合いという樹は、菌について語りだすと止まらない、ちょっと奇異な老教授だった。その後、樹研究室に出入りするようになった沢木は、新たな｢菌｣と｢発酵｣の世界に触れながらも、彼を取り巻く少し変わった人たちとの出会いによって、様々な騒動に振り回されていくことに･･･。